Les équipes sont divisées en deux conférences, Est et Ouest, aussi égales en nombre que possible.
Durant la saison régulière, toutes les équipes se rencontrent en matchs aller-retour. En fonction du nombre d'équipes dans chaque conférence
* les deux meilleurs de chaque conférence se qualifient en demi-finales de conférence ;
* les deux suivants au classement général prennent les places restantes.
Les playoffs sont constituées de demi-finales de conférence (aller-retour), de finales de conférence (match unique), et de la MLS Cup (match unique). En demi-finales de conférence, les deux meilleurs de chaque conférence possèdent le statut de tête de série : ils sont assurés de n'affronter qu'une équipe non-première ou non-deuxième de conférence. Les finales de conférence se jouent sur le terrain du mieux classé lors de la saison régulière. Les vainqueurs de ces deux finales de conférence, s'affrontent lors de la Finale, ou MLS Cup